A história acontece pouco mais de anos após partida de Naruto para um treinamento com opara fora de Konoha. Após seu retorno, Naruto e sua equipe, agora em nova formação, entram em uma investigação da organização de criminosos e ninjas renegados Akatsuki, e de um possível resgate de Uchiha Sasuke, agora sob comando de Orochimaru. O principal empecilho de Uzumaki Naruto, e Konoha, em Naruto: Shippuden é a Akatsuki, que procura capturar todos os Jinchuurikis.