Na segunda temporada de Absentia, depois de rastrear e matar seu sequestrador, Emily Byrne luta para retomar a normalidade em sua vida como mãe e como sobrevivente de seis anos de tortura física e mental. Embora tenha reestabelecido a relação com seu filho, Flynn, Emily ainda não consegue deixar a escuridão de seu passado. Então, ela contrata o detetive da polícia de Boston, Tommy Gibbs, em uma investigação secreta sobre sua misteriosa história.